Zgodnie z aktualnymi rekomendacjami ESHRE i PTMRiE bezwzględne wskazania do leczenia metodą in vitro to: czynnik jajowodowy (niedrożne jajowody i zrosty wewnątrzotrzewnowe), ciężki czynnik męski, zaawansowana endometrioza (III i IV st), niska rezerwa jajnikowa oraz zaawansowany wiek pacjentki (bez konieczności stosowania wcześniej metod zachowawczych). Obecność mniej istotnych przyczyn niepłodności ale dotyczących obojga partnerów równocześnie również może być jednoznacznym wskazaniem do stosowania metody in vitro, bez wcześniejszych prób innego leczenia (ze względu na brak ich skuteczności) np.: mniej zaawansowana endometrioza + czynnik męski o mniejszym nasileniu też mogą być wskazaniem bezwzględnym do zastosowania IVF. Decyzję podejmuje lekarz po ocenie płodności obojga partnerów i oszacowaniu szans na powodzenie leczenia.