Prawidłowo przeprowadzona biopsja jest bezpieczne dla zarodka. W czasie biopsji doświadczony embriolog pobiera kilka komórek trofoektodermy (z której powstają błony płodowe), z dala od węzła zarodkowego, z którego w późniejszych etapach rozwoju rozwija się płód. Stąd naruszenie samej struktury zarodka jest stosunkowo niewielkie.